Alors que la Mystery Machine de Scooby-Doo, Sammy et le reste de la bande tombe en panne dans le désert, les compagnons se retrouvent mêlés à des phénomènes liés aux extraterrestres. Ils débarquent dans une ville remplis d’ufologues et autres chasseurs d'extraterrestres prêts à en découdre avec les aliens qui n'ont rien d'amical.
